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评者指责为犹太复国主义者，并被申斥破坏国家诚信、试图摧毁伊斯兰教等:45–47。马哈迪分别在1993、1997和1999年致函以色列总理伊扎克·拉宾、本雅明·内塔尼亚胡 和埃胡德·巴拉克。在2012年，政府决定公开这些信函的内容，以消除有关马哈迪政府朝着承认以色列国的方向发展的指控。
同朝鲜的关系
两国于1973年6月30日正式建交。2003年，双方在对方国家设立大使馆，马来西亚驻朝鲜大使馆设于平壤，朝鲜驻马来西亚大使馆设于吉隆坡。2009年，朝鲜向马来西亚开放入境签证；马来西亚成为首个朝鲜免签的国家。
1978年8月20日，四名马来西亚籍和一名新加坡籍女子在接受一名神秘男子的邀请前往朝鲜附近海域后神秘失踪，至今未归，有观点猜测几人被朝鲜特工绑架。
2017年2月13日，朝鲜公民、时任领导人金正恩之兄金正男在马来西亚吉隆坡机场遇刺身亡，朝鲜拒不配合马来西亚官方对该事件的调查，导致两国关系开始紧张。马来西亚宣布将召回驻朝鲜大使，之后宣布停止向朝鲜公民的免签政策。3月5日，马来西亚外交部宣布将朝鲜驻马大使姜哲列为“不受欢迎人物”，并下令其在48小时内离开马来西亚。朝鲜外务省随后亦驱逐了马来西亚驻朝大使。3月7日，朝鲜宣布禁止在朝鲜的马来西亚公民离境。马来西亚随后也向在马的朝鲜公民实施禁止离境，引起人质外交危机。两国随后通过谈判协商，最终马来西亚同意将金正男遗体，和3名涉案朝鲜籍嫌犯；朝鲜驻马大使馆二等秘书玄光城、高丽航空职员金旭日和李智同送返回国，朝鲜也同意将滞留在当地的大马公民送返回国，两国紧张关系才告一段落。而在一系列事件发生后，大马政府在2017年停止了马来西亚驻朝鲜大使馆的运作。