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。9月，副首相兼国防部长纳吉布出席在新加坡举行的“2005年度东盟100领袖论坛”并演讲。11月，新加坡副总理兼国家安全统筹部长贾古玛访马。2006年1月，最高元首西拉杰丁访新。
同菲律宾的关系
1959年，马来西亚的前身马来亚联合邦独立后不久，菲律宾在吉隆坡建立了公使馆。1961年，菲律宾公使馆升格为大使馆。同年，时任菲律宾总统卡洛斯·加西亚对马来亚进行国事访问，他与当时的马来亚时任首相东姑阿都拉曼讨论了东南亚国家联盟的成立。东盟由五个东南亚国家（包括马来亚和菲律宾）于1967年8月8日成立。1963年7月31日至8月5日，马来西亚与菲律宾在马尼拉举行的一次首脑会议上，与印度尼西亚一起短暂成立马菲印联盟。一个月后该组织宣布解散，部分原因是印尼与马来西亚的对抗政策，但菲律宾与马来西亚在许多领域上持续紧密合作。
1963年9月16日，马来亚和新加坡、砂拉越与英属北婆罗洲（今沙巴）组成新的联邦国家——马来西亚联邦。菲律宾在隔日因反对北婆罗洲并入马来西亚领土宣布断绝外交关系。自9月24日起，因未能就菲律宾对北婆罗洲的要求达成令人满意的解决，菲律宾政府下达关闭菲律宾驻吉隆坡大使馆的命令。在接下来的八个月中（即1963年9月至1964年5月），两国之间的外交和领事关系被暂停。1964年2月10日至12日，时任菲律宾总统迪奥斯达多·马卡帕加尔和马来西亚首相东姑阿都拉曼在泰国金边举行的首脑会谈中达成协议。随后4月30日，两国通过泰国政府的指定代表交换了正式协议的照会。菲律宾于5月18日在吉隆坡开设领事馆。